Kasvillisuus
Trunsö on kasvillisuudeltaan monipuolinen ulkosaariston saari. Saaren pohjoisosassa sijaitsee pieni metsä sekä suo, kun taas pääosa saaresta on kanervanummen ja kallioiden peittämää. Kylän niitty ja pieni ruohikkolahdeke lisäävät monipuolisuutta entisestään.
Puulajeista yleisin on mänty, jota kasvaa kaikkialla saaressa. Lehtipuita saarella esiintyy huomattavasti havupuita vähemmän. Lehtipuista tavataan yleisimmän koivun lisäksi kuitenkin myös mm. pihlajaa ja tervaleppiä. Saarella esiintyy myös katajaa, joka paikoin muodostaa tiheitä kasvustoja. Kenttäkerroksen valtalajeja ovat kanerva ja variksenmarja.
Trunsöstä on tehty 1981 kasvillisuusinventointi, jossa tunnistettiin yhteensä 202 putkilokasvilajia. Rannoilla kasvaa mm. rantanätkelmää, merikaalia, merisinappia, kurjenmiekkaa ja rantayrttiä. Kedoilla ja niityillä on tavattu mm. mäkimeiramia, sikoangervoa, pölkkyruohoa, nuokkukohokkia ja mäkileinikkiä. Saarella kasvaa myös uhanalainen suikeanoidanlukko. Kulttuurikasveista voidaan mainita mm. kyläkurjenpolvi ja isokierto sekä rohtoliperi.
Linnusto
Saaren linnusto edustaa sekoitusta ulkosaariston ja sisäsaariston tyypillisistä lajeista. Metsässä pesii metsien peruslintuja ja toisaalta rannoilla esiintyy aitoja ulkosaariston edustajia. Västäräkki ja räystäspääsky ovat tyypillisiä kulttuurin seuralaisia koko maassa. Niinpä ne viihtyvät mainiosti myös saaristokylissä. Pensaikoissa viihtyvät herne- ja pensaskerttu. Kirjokerttu puolestaan on ulkosaariston katajikkoisten niittyjen erikoisuus, jota tavataan säännöllisesti myös Trunsössä. Metsässä elää tavallisia metsälintuja, kuten peippo ja mustarastas.
Kylän matalilla lahdilla voi nähdä eksoottisen näköisen ristisorsan, joka myös pesii Trunsössä säännöllisesti. Myös viime aikoina runsastunut merihanhi pesii täällä. Itärannan somerikkorannalla on lapintiirojen pesimäkolonia, jonka suojissa pesii mm. uhanalainen tylli, pieni kahlaajalintu. Se tekee vaatimattoman pesäkuoppansa suoraan kivikkoon. Rantojen linnustoon kuuluu myös äänekäs meriharakka, jota tavataan Suomessa kaikkialla saaristossa ja rannikoilla.
Trunsö on viimeisiä metsäisiä saaria ennen ulapoita. Varsinainen ulkosaaristo puuttomine luotoineen alkaa Trunsöstä. Aukean ulapan tyyppilintuja ovat mm. haahka, merilokki, lapintiira, riskilä ja kirjava karikukko.
Lintujen pesimäkausi alkaa huhtikuussa ja jatkuu aina heinäkuun loppuun asti. Aikaisimpia pesijöitä ovat haahka ja merihanhi, myöhäisimpiä pilkkasiipi ja tukkakoskelo. Polkujen ulkopuolella ei pidä kulkea pesimäaikana, sillä yksikin käynti pesällä saattaa johtaa pesinnän epäonnistumiseen.
Matelijat
Käärmeitä esiintyy saarella runsaasti. Erityisesti keväällä, kun käärmeet heräävät talvehtimisonkaloistaan, niitä voi nähdä lämmittelemässä paahteisen kiven kupeella. Rantakäärme on väriltään musta ja sillä on suuret, kirkkaankeltaiset niskatäplät. Tästä sen erottaa mustan värimuodon kyykäärmeistä kun taas harmaat kyyt tuntee helposti selän sahalaitakuviosta. Käärmeet ovat harmittomia ihmiselle, jos niiden antaa olla rauhassa. Varovaisuus on kuitenkin tarpeen erityisesti keväällä kun kyyt ja rantakäärmeet ovat vielä kohmeisia eivätkä pääse nopeasti pakoon.
Geologia
Trunsön kallioperä kuuluu svekofennialaisen vuorijonon ikivanhoihin juuriin, jotka eroosio on paljastanut näkyviin. Vuorijonon syntyessä 2000 miljoonaa vuotta sitten oli täälläkin tulivuoria ja maanjäristyksiä. Kivimassa on ollut välillä sulaa magmaa ja kivilajit ovat sekoittuneet toisiinsa monimutkaisiksi kuvioiksi, joita voi edelleen ihailla saaren rantakallioilla.
Eri kivilajien rajat kulkevat Trunsössä itä-länsi-suuntaisesti. Lähes koko saaren pohjoisosan kallioperä koostuu ns. raitaisesta sarjasta, jossa tummat amfiboliittiset ja vaaleat leptiittiset kerrokset vaihtelevat muodostaen paikoin kauniita serpentiinimäisiä kuvioita, joissa näkyy merkkejä kallioperän puristuksesta ja liikunnoista. Saaren länsirannan silokallioilla tämä raitainen kivisarja näkyy parhaiten.
Saaren pohjoisosan eteläpuolella esiintyy noin parisataa metriä leveä punainen mikroliinigraniittivyöhyke ja tämän eteläpuolella on kallio harmaata granodioriittia ja gneissigraniittia.
Jääkaudet antoivat maisemalle viimeisimmän silauksen ja merkkejä jäätikön voimasta näkyy täälläkin. Esimerkiksi tasaiset silokalliot ja heikomman kivilajin rikkonaiset vyöhykkeet paljastuivat noin 12 000 vuotta sitten mannerjäätikön sulaessa.
Mannerjään paksuus oli noin 2500 – 3500 metriä ja se aiheutti valtavan painon elastiseen maankuoreen. Jääkerroksen vetäydyttyä oli koko saaristo veden alla. Maankohoaminen alkoi ensin nopeana ja jatkuu edelleen; Trunsön alueella maa kohoaa noin 40 cm sadassa vuodessa, mikä paljastaa uutta maata veden alta, johtaa matalien lahtien kuroutumiseen irti merestä ja kasvattaa rannan läheisiä saaria niemiksi.
Trunsön korkeimmalla kohdalla on kolmiopiste, jonka korkeus on 20,2 metriä meren pinnasta. Kolmiopiste on merkitty maastoon puisella kolmiotornilla. Kolmiotornin tuntumassa saaren koillisosassa on Kummelbergin rinteillä laajoja muinaisrantoja. Nämä myös pirunpelloiksi kutsutut kivikot ovat todisteita maankohoamisesta. Kivikot ovat syntyneet maankohoamisen alkuvaiheissa, kun Trunön saari nousi esiin veden alta. Nykyistä paljon korkeammalla ollut merenpinta ja sen aallot huuhtoivat silloisilta rannoilta hienomman maa-aineksen pois, mutta painavammat kivet ja lohkareet jäivät paikoilleen muodostaen rantavallin. Sama prosessi jatkuu nykyisilläkin rannoilla vesirajassa ja uusia kivisiä rantoja syntyy. Tuhansien vuosien kuluttua ne ovat muinaisrantoja, kaukana maalla sijaitsevia kivikoita.
Trunsö on pääosin kalliosaari, jossa irtonaisten maalajien osuus on hyvin pieni. Siellä täällä moreenia kuitenkin on sen verran, että puustoakin on päässyt kasvamaan. Lahden poukamissa on paikoin huuhtoutuneemman aineksen, hiekan ja soran esiintymiä.
